En 1999, l'effectif de l'institut s'élevait à 300 agents environ : 213 scientifiques, techniciens et personnel administratif.

L'INRH est doté actuellement :

• d'un navire de recherche "Charif Al Idrissi", construit au Japon en 1986 et acquis la même année par le Gouvernement Marocain dans le cadre de la coopération maroco-japonaise. Les caractéristiques de ce navire sont les suivantes :
  • Longueur hors tout : 41 mètres
  • Largeur hors membres : 8,80,
  • Jauge brute 397 Tx
  • Puissance 1100 CV,
  • Autonomie de prospection 30 jours,
  • Effectif embarqué : 25 Personnes . dont 5 Officiers et 9 Scientifiques,

  Ce navire est doté d'équipements de navigation, de prospection, de chalutages pélagique et démersal ainsi que du matériel nécessaire aux études océanographiques et sédimentologiques.

• En 2001, l’INRH a acquis un nouveau navire de recherche AL Amir My Abdellah dont les caractéristiques sont les suivantes :

• Longueur hors tout : 38.5 m
• Largeur hors membre : 7.8 m
• Jauge brut : 298 tx
• Puissance motrice : 1000 CV
• Vitesse de croisière : 10 nœuds
• Tirant d'eau : 3,5 m
• Autonomie en mer : 21 jours
• Effectif embarqué : 14 membre d’équipage et 7 scientifiques
• Classification : Lloyd's register
• Date de livraison : 04 mars 2001
• Coût de réalisation : 120 millions de Dirhams