Pour réaliser ses missions, l’INRH est doté d’une structure constituée par des laboratoires centraux à Casablanca qui assurent la recherche dans la zone atlantique non couverte par le centre régional d’Agadir et de quatre centres régionaux répartis sur l’ensemble du littoral national.

Les quatre centres régionaux de l’Institut exécutent les programmes et les études de recherche halieutique au niveau de leur zones de compétence.

1-     Le centre régional de Nador couvre la zone du détroit et la côte méditerranéenne. Les axes de recherches au niveau de ce centre se base sur la pêche côtière et artisanale et la mise en valeur de la lagune de Nador.

2-     Le centre régional d’Agadir couvre la zone de l’Atlantique centre, il se spécialise dans les programmes de recherches concernant la pêche hauturière et côtière.

3-     Le centre régional de Laayoune couvre la côte saharienne, il s’intéresse à l’étude de la pêche des petits pélagiques notamment la sardine  et les études socio-économiques appliquées dans le domaine de l’halieutique.

4-     Le centre régional de Dakhla  couvre la côte saharienne, il se base sur les études des ressources en céphalopodes, la pêche artisanale, la préservation de la population de phoques-moines et les études de l’écosystème de la baie de Dakhla. 

Par ailleurs, et dans le but d'assurer un suivi efficace de la salubrité du milieu marin, l'INRH, a entrepris la mise en place d'un réseau de surveillance, composé de huit stations réparties sur tout le littoral national :

• En Méditerrannée : Nador, M'diq et Tanger

• En Atlantique : Casablanca, Oualidhia, Agadir, Laâyoune et Dakhla

La mission du Réseau se résume comme suit :

• l'évaluation de la pollution bactérienne côtière notamment au niveau des rejets urbains, dans les baies, les lagunes et les bassins portuaires de pêche;
• l'identification, l'évaluation et la surveillance des contaminants chimiques(pesticides, métaux lourds et hydrocarbures de pétrole) notamment au niveau des zones industrielles.
• L'étude de l'impact des sources de pollution chimique sur le milieu et les ressources biologiques.
• Le suivi régulier des efflorescences à phytoplancton toxique (eaux colorées-marées rouges) portant plus particulièrement sur l'identification systématique du phytoplancton toxique ainsi que le développement des techniques d'identification et d'évaluation des phytotoxines.

En outre, ce réseau est un système d'alarme en cas de pollution accidentelle du littoral ou d'apparition de phénomène perturbant l'écosystème littoral tel que les eaux rouges ou l'introduction d'espèces étrangères présentant de risques pour l'écosystème marin tel que l'algue verte Cauterpa taxifolia.