L'INRH a pour mission d'entreprendre toutes activités de recherche, études, actions expérimentales et travaux en mer ou à terre ayant pour objectifs l'aménagement et la rationalisation de la gestion des ressources halieutiques et aquacoles et leur valorisation.

A cet effet, il est chargé dans le but exclusif d'évaluer, d'aménager et de préserver les ressources halieutique et aquacoles de:

1. Mener les études et recherches destinées à approfondir les connaissances sur le milieu marin et à appréhender l'impact de celui-ci sur la dynamique des ressources halieutiques;
2. Assurer la surveillance continue de l'état de l'environnement marin et des diverses sources de pollution notamment chimiques et microbiologiques, ainsi que les nuisances pouvant déséquilibrer le milieu marin;
3. Evaluer les ressources halieutiques, établir des diagnostics sur l'état des stocks de ces ressources, déterminer leurs niveaux d'exploitation biologique et étudier les facteurs qui régissent leur évolution et plus généralement préparer toutes les données d'ordre biologique, technique ou économique permettant à l'administration d'élaborer les programmes de développement et de gestion des pêcheries et participer avec celle-ci au contrôle de leur application et à cet effet remettre annuellement à l'administration un rapport scientifique sur l'état des ressources halieutiques;
4. Evaluer l'impact biologique et socio-économique sur les pêcheries et sur le milieu marin des différentes mesures tendant à l'aménagement du littoral et à sa mise en valeur et émettre tout avis pertinent sur ces mesures;
5. Assurer la surveillance de la salubrité des produits de la pêche et de l'aquaculture, dans leur milieu;
6. Evaluer les potentialités du littoral national en matière d'aquaculture et préparer les données scientifiques, techniques et économiques permettant l'élaboration d'un programme de développement de l'aquaculture;
7. Entreprendre les études, recherches et expérimentations visant la promotion et le développement de l'aquaculture, notamment en matière d'ingénierie aquacole, de reproduction en milieu contrôlé, de diversification des espèces, de nutrition, de génétique, de pathologie et autres domaine en relation avec l'aquaculture y compris des actions pilotes permettant d'effectuer la démonstration et la vulgarisation des travaux de recherche en aquaculture;
8. Entreprendre les études et expérimentations en matière de technologie de pêche visant l'amélioration des engins de pêche ainsi que l'introduction de nouvelles techniques et leur adaptation au contexte national;
9. Procéder à l'élaboration et à l'édition des cartes de fonds marins des zones de pêche;
10. Entreprendre des études ,recherches et expérimentations visant la valorisation des produits de la mer, notamment par la mise au point de nouvelles techniques destinées à obtenir des produits de grandes qualité;
11. Assurer la diffusion des information relatives à ses propres recherches et, le cas échéant, à celles effectuées par d'autres instituts à vocation similaire;
12. Participer aux travaux d'organismes nationaux, régionaux et internationaux dans les domaines relevant de ses compétences;
13. Fournir des prestations de service, dans ses domaines d'attributions y compris la réalisation d'expertises techniques à la demande de personnes publiques ou privées et commercialiser les résultats de ses recherches, études et travaux;
14. Contribuer sur le plan scientifique à la création d'aquariums, de réserves et de parcs marins.